Nog steeds zien we met enige regelmaat dat het broeifust voor de waterbroei onvoldoende wordt gereinigd en gedesinfecteerd. Het gevolg is vaak een verhoogde kans op het optreden van pythium en verslijming.Voordat de kratten kunnen worden gedesinfecteerd moeten ze eerst worden gereinigd. Meestal maken vuilfraisen de bakken vrij van organische resten. Een makkelijke manier van controle of de vuilfraisen goed werken, is het gebruik van haarverf. Spuit de haarverf in de bakken en laat het vervolgens een tijdje drogen. Daarna worden deze kisten door de bakkenwasser gehaald. Op die manier is vrij gemakkelijk te beoordelen of de gehele bak wordt gereinigd. Hierbij is het wel belangrijk dat de bak weer volledig droog is, voordat er goed gekeken kan worden of er nog verf in de bak is achtergebleven. Op een natte bak is de eventueel achtergebleven verf namelijk niet zo goed te zien. Controle van die droge bak lukt het beste onder lichtrijke omstandigheden; dan kan door aan- of afwezigheid van de opgespoten verf makkelijk worden gezien of de vuilfraisen alle delen van de bak goed reinigen.
Het desinfecteren van het broeifust kan op de volgende drie manieren:
