Veel bedrijven in de broeierij hergebruiken het proceswater. De meest gebruikte middelen om water te zuiveren zijn hypochloriet (in de praktijk 'chloor' genoemd) en ozon, vaak in combinatie met waterstofperoxide. In het begin van het seizoen wordt er veel vers water gebruikt en is er weinig retourwater. Recycling van het proceswater neemt uiteindelijking snel toe. Hierdoor is het van groot belang dat de waterzuivering goed werkt.
In het geval van waterontsmetting met '' is een goede controle van het chloorgehalte en de pH-waarde. Het chloorgehalte mag niet te hoog (sterk afhankelijk van de bedrijfssituatie; tussen 0,3 en 1,8) zijn. Een juiste pH (6-6,5) is belangrijk voor een goede werking. Bij gebruik van ozon is het ook van groot belang om de installatie en het gehalte waterstofperoxide frequent te controleren.
Veel bedrijven laten periodiek het water controleren op de samenstelling van de mineralen (voedingsmonster) en het kiemgetal. Indien nodig wordt iets aangepast om een goede balans in de voeding te verkrijgen. Het kiemgetal geeft een beeld van het water daadwerkelijk schoon is. Soms komen wat hoge kiemgetallen voor. Dit moet niet meteen een probleem zijn omdat ook niet-pathogene schimmels en bacteriën voor een kiemgetal zorgen. Scans op basis van DNA kunnen wel duidelijk maken of er pathogene schimmels van bacteriën aanwezig zijn.
