Voor gewassen is de zone direct rondom de wortels, de rhizosfeer, extreem belangrijk voor een gezonde groei. De wortels scheiden tal van stoffen uit die de pH veranderen, maar ook de samenstelling van het bodemleven, waarvan de plant profiteert. De pH in de rhizosfeer verandert doordat de plant selectief een kation (positief geladen ion) of een anion (negatief geladen ionen) opneemt. De plant wil elektrisch neutraal blijven. Dit betekent dat als de plant nitraat (NO3- ) opneemt, hydroxide (OH-) wordt afgestaan. Andersom betekent dit dat als de plant ammonium (NH4+) opneemt, waterstof (H+) wordt afgestaan. Als er meer H+ ionen vrijkomen, zal de pH in het vocht van de rhizosfeer dalen. Bij meer OH- ionen stijgt die pH. Houd rekening met het pH-bereik van nutriënten. Mangaan is bijvoorbeeld tussen pH van 6,5 en 8 slecht opneembaar voor de plant.
De wortel kan ook suikers, organische zuren, aminozuren en fenolen uitscheiden die het bodemleven beïnvloeden. De plant heeft profijt van deze exudaten. In de rhizosfeer komen namelijk allerlei soorten bodemleven voor, nuttig of schadelijk. De plant stuurt de samenstelling daarvan via exudaten. De nuttige organismen worden bevoorrecht en in ruil daarvoor zorgen ze voor een betere opname van elementen, fysieke bescherming van de wortels of bescherming tegen schadelijke organismen.